課程資訊
課程名稱
結構生物學特論
SPECIAL TOPICS ON STRUCTURAL BIOLOGY 
開課學期
98-1 
授課對象
生物資源暨農學院  農業化學研究所  
授課教師
徐駿森 
課號
AC8023 
課程識別碼
623ED2390 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三9,A(16:30~19:15) 
上課地點
農化二105 
備註
本課程以英語授課。上課時間可視需要調整
限博士班
總人數上限:5人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/981struc_bio 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

結構生物學目的為研究生物分子結構與其生物機能相關性,而本身結構生物學的研究便是包含生物、物理、化學、資訊等跨領域的組合。近代研究工具與方法的成熟發展使得結構生物學除了探索了許多以往未知的生命堂奧,更加速藥物與新穎蛋白設計與應用的發展。
本課程討論主題於第一部分以系統性的探討於蛋白質工程、膜蛋白與藥物設計等三大主題,並分別以螢光蛋白改造、G蛋白偶合受體家族與HIV蛋白酶藥物設計等著名且重要的蛋白質結構研究為例;而第二部份將選自於當前傑出與標竿的文獻著作,使得同學能得知當代結構生物學之研究近況與成果,以及今後發展的趨勢與面臨的挑戰。
 

課程目標
本課程為帶領學生培養具有結構生物學之文獻閱讀、研究方法與思考能力,並且實際了解實驗性方法(核磁共振光譜與蛋白質結晶學)和模擬方法(分子模擬與分子對接),如何在研究中扮演不同的角色與應用。 
課程要求
生物化學 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
另約時間 
指定閱讀
Selected review articles:
1. GFP Family: Structural Insights into Spectral Tuning. Pakhomov AA, Martynov VI. (2008) Chem. Biol. 15(8):755-764.
2. Discovery of New GPCR Biology: One Receptor Structure at a Time. Hanson MA, Stevens RC. (2009) Structure 17(1):8-14.
3. Structure and Function of HIV-1 Reverse Transcriptase: Molecular Mechanisms of Polymerization and Inhibition. Sarafianos SG, Marchand B, Das K, Himmel DM, Parniak MA, Hughes SH, Arnold E. (2009) J. Mol. Biol. 385(3):693-713.
 
參考書目
1. Quincy Teng (2005).Structural Biology: Practical NMR Applications, 1st ed., Springer.
2. Duncan E. McRee (1999). Practical Protein Crystallography, Proteins: 2nd ed., Academic Press.
3. Updated materials from Journal publications
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
專題討論 
50% 
 
2. 
期末報告 
50% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
  News in protein crystallography 
第2週
  News in bio-molecular NMR 
第3週
  Protein Engineering (I):discovery of GFP 
第4週
  Protein Engineering (II):various colors of fluorescent proteins 
第5週
  Protein Engineering (III):application of fluorescent proteins 
第6週
  Membrane Protein (I): first structure of GPCR 
第7週
  Membrane Protein (II):GPCR and drug discovery 
第8週
  Membrane Protein (III): evolution of GPCR family 
第9週
  Midterm seminar 
第10週
  Drug Design (I): virus life cycle of HIV 
第11週
  Drug Design (II): structure of HIV protease 
第12週
  Drug Design (III):drug resistant of HIV reverse transcriptase 
第13週
  Current Topic in Structure solved by NMR 
第14週
  Current Topic in Structure solved by Protein Crystallography 
第15週
  Current Topic in Molecular Modeling 
第16週
  Current Topic in Protein Engineering 
第17週
  Current Topic in Drug Design 
第18週
  Final exam